- Τμήμα Διοικητικής Μέριμνας & Πρωτοκόλλου
- Τμήμα Διοικητικού & Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ)
- Τμήμα Διδακτικού Ερευνητικού Προσωπικού (ΔΕΠ)
- Τμήμα Σπουδών & Πρακτικής Άσκησης
- Τμήμα Συλλογικών & Ατομικών Οργάνων & Επιτροπών
- Γραφείο Πολιτικής Σχεδιάσεως Εκτάκτου Ανάγκης (ΠΣΕΑ)
- Τμήμα Δαπανών & Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης (ΚΠΣ)
- Τμήμα Μισθοδοσίας & Αποζημιώσεων
- Τμήμα Προμηθειών & Περιουσίας
- Τμήμα Προϋπολογισμού
- Οικονομικά Στοιχεία
Διεύθυνση Πληροφορικής και Βιβλιοθήκης
- Τμήμα Τηλεπικοινωνιών και Δικτύων
- Τμήμα Διαχείρισης Πληροφοριακών Συστημάτων
- Τμήμα Υποστήριξης Εκπαιδευτικών Διαδικασιών
- Τμήμα Βιβλιοθήκης και Κέντρου Πληροφόρησης
Διεύθυνση Μονάδας Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης (Μ.Ο.Δ.Υ.)
- Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης ΜΟΔΥ
- Τμήμα Λογιστικής και Οικονομικής Διαχείρισης ΜΟΔΥ
- Τμήμα Προγραμματισμού, Ανάπτυξης και Διαχείρισης Έργων
- Τμήμα Προγραμματισμού, Ανάπτυξης και Διαχείρισης Έργων Τμημάτων Ρεθύμνου – Χανίων
- Τμήμα Φοιτητικών Παροχών
- Τμήμα Περίθαλψης και Κοινωνικής Μέριμνας
- Τμήμα Παιδικού Σταθμού
- Γραφείο Διαχείρισης Εστίας Ηρακλείου
- Γραφείο Διαχείρισης Εστίας και Φοιτητικών Παροχών (Σητεία)
- Γραφείο Διαχείρισης Φοιτητικών Παροχών (Χανιά)
- Γραφείο Διοικητικής Υποστήριξης
- Σχολή Γεωπονικών Επιστημών (Ηράκλειο)
- Σχολή Μηχανικών (Ηράκλειο)
- Σχολή Επιστήμων Διοίκησης και Οικονομίας (Άγιος Νικόλαος)
- Σχολή Επιστήμων Υγείας (Ηράκλειο)
- Σχολή Μουσικής και Οπτικοακουστικών Τεχνολογιών (Ρέθυμνο)
Αυτοτελή Τμήματα
- Γραμματεία Πρυτανείας
- Τμήμα Δημοσίων & Διεθνών Σχέσεων
- Γραφείο Συντήρησης (Παράρτημα Χανίων)
- Γραφείο Διασύνδεσης και Σταδιοδρομίας
- Αυτοτελές Γραφείο Μονάδας Στρατηγικού Σχεδιασμού
- Γραφείο Νομικού Συμβούλου
- Γραφείο Συνηγόρου Φοιτητή
- Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης της Μονάδας Διασφάλισης Ποιότητας (ΜΟ.ΔΙ.Π.)
- Τμήμα Εσωτερικού Ελέγχου (Πληροφορίες)