Η Σχολή Μηχανικών διαθέτει τα ακόλουθα αυτοδύναμα Μεταπτυχιακά Προγράμματα:
1. Ενεργειακά Συστήματα
2. Οργάνωση και Διοίκηση για Μηχανικούς
3. Μηχανικών Πληροφορικής – Informatics & Engineering
4. Προηγμένα Συστήματα Παραγωγής, Αυτοματισμού και Ρομποτικής
5. Ηλεκτρονικά Συστήματα Τηλεπικοινωνιών & Αυτοματισμών (ΗΣΤΑ)
6. ΠΜΣ Lasers, Πλάσμα & Εφαρμογές (LaPlA)
7. ΠΜΣ ΓΕΩΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΟΙ ΠΟΡΟΙ & ΚΙΝΔΥΝΟΙ
Διοργανώνει επίσης Μεταπτυχιακά Προγράμματα σε σύμπραξη με άλλα εκπαιδευτικά ιδρύματα:
1. Δι-ιδρυματικό Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών, Τεχνολογίες Προστασίας Περιβάλλοντος (Προσφέρεται από το Τμήμα Χημείας του Πανεπιστημίου Κρήτης σε σύμπραξη με τη Σχολή Μηχανικών του ΕΛ.ΜΕ.ΠΑ.)
2. Δι-ιδρυματικό Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών (ΔΠΜΣ) “Νανοτεχνολογία για Ενεργειακές Εφαρμογές” (Tμήματα Ηλεκτρολόγων Μηχανικών & Μηχανικών Υπολογιστών και Ηλεκτρονικών Μηχανικών του ΕΛ.ΜΕ.ΠΑ., τα Τμήματα Χημείας και Επιστήμης & Τεχνολογίας Υλικών του Πανεπιστημίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Ηλεκτρονικής Δομής και Λέιζερ του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας)