Διοργάνωση
Δυο Σχολές, ένας Σκοπός
Το ΔΠΜΣ οργανώνεται από τις Σχολές Τεχνολογικών Εφαρμογών και Διοίκησης & Οικονομίας του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου και έχει έδρα το Ηράκλειο.
Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών
Η Σχολή Τεχνολογικών Εφαρμογών (ΣΤΕΦ) αποτελεί την Σχολή Μηχανικών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου. Η βασική της αποστολή είναι να εκπαιδεύει και να μορφώνει ψηλής στάθμης Μηχανικούς Τεχνολογικής Εκπαίδευσης. Παράλληλα θεωρεί υποχρέωσή της να συμβάλλει στο 
τεχνολογικό γίγνεσθαι της χώρα μας και ιδιαίτερα της Κρήτης. Για τον τελευταίο αυτό σκοπό αναπτύσσει ερευνητικές δραστηριότητες και συμμετέχει ή διαμορφώνει μηχανισμούς μεταφοράς τεχνολογίας προς την παραγωγική διαδικασία και την κοινωνία γενικότερα.
Σχολή Διοίκησης και Οικονομίας
Η Σχολή Διοίκησης και Οικονομίας (Σ.Δ.Ο.) του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου έχει έδρα το Ηράκλειο και αποτελείται από σύχρονα Τμήματα σε διάφορους τομείς της Οικονομικο-Διοικητικής Επιστήμης. Έχει ως αποστολή να παρέχει υψηλού επιπέδου εκπαίδευση και έρευνα, ώστε να συμβάλλει τόσο στην διαμόρφωση σύγχρονων στελεχών διοίκησης για τις επιχειρήσεις και τους οργανισμούς, όσο και στην ευρύτερη αναπτυξιακή πορεία της Κρήτης και της χώρας.