Το Τμήμα Γεωπονίας του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου οργάνωσε και λειτουργεί με επιτυχία από το ακαδημαϊκό έτος 2015 – 2016, το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) με τίτλο «Εφαρμοσμένη Επιστήμη και Τεχνολογία στη Γεωπονία». Από το ακαδημαϊκό έτος 2018 - 2019, το Τμήμα επανιδρύει αναμορφωμένο το ΠΜΣ, σύμφωνα με τις διατάξεις του νόμου 4485/2017 (ΦΕΚ 114/04-08-2017).
Στόχος του προγράμματος είναι η επιστημονική κατάρτιση και ειδίκευση επιστημόνων σε θέματα αιχμής της Γεωπονικής Επιστήμης και Τεχνολογίας, και η μεταφορά σύγχρονης γνώσης σε όλα τα πεδία εφαρμογής και επιχειρηματικής αξιοποίησης στον αγροδιατροφικό τομέα.
Το ΠΜΣ οδηγεί στην απόκτηση Μεταπτυχιακoύ Διπλώματος Ειδίκευσης (ΜΔΕ) στην «Εφαρμοσμένη Επιστήμη και Τεχνολογία στη Γεωπονία» μετά από σπουδές διάρκειας τριών (3) ακαδημαϊκών εξαμήνων.